医药冷库根据所存贮的药品不同，所设定的温度也是不同，而且医药冷库内的温度要根据季节的变化做出相应的调整，这样才能更好的节省电力成本，降低冷库设备的工作负荷，延长医药冷库的使用寿命。
冬季冷库的档位需要保持在四档以上，医药冷库温度需要控制在零度以上十度以下，一般冬天环境温度非常低，设备温度很容易达到控制温度，如果设备温度设定非常高，会导致设备开启时间过短，设备很难达到设定的冷冻温度，如果周围环境温度在16度以下，那么设备的档位应该在五档，如果周围环境温度低于10度，那么设备的档位可以调整到六档或者是七档，如果周围环境温度非常低，在5度以下，那么可以将药品放在设备外部保存。
冬季温度过低，医药冷库设计温度设定需要由温度控制设备和系统匹配完成，如果环境温度过低，设备刚刚开启几分钟就会自动关闭，冷库内的温度很难达到医药用品对温度的需要，因此医药冷库不能放置在温度过低的地方，凉库周边环境温度不能低于五度，如果低于五度，人们需要将设备移动到更加暖和的地方重新启动运行。
夏季的时候，医药冷库的实际效果会受到周围环境影响，使用时间和耗电情况都会受到一定影响，夏天温度较高，一般设备档位放在二档就可以满足需要。